Depuis sa mise au point dans les années 1960, la synthèse peptidique sur support solide est devenue la méthode standard pour produire des peptides courts à moyens. Deux stratégies de protection coexistent : Fmoc et Boc. Laquelle choisir ?
La stratégie Fmoc
La méthode Fmoc utilise un groupement protecteur clivable en milieu basique doux (généralement la pipéridine en DMF). Avantages : conditions douces compatibles avec la plupart des fonctions sensibles, suivi facile par UV (le groupe libéré absorbe à 301 nm), peu d’effets secondaires. C’est la méthode de choix pour 90 % des peptides courants.
La stratégie Boc
La méthode Boc utilise un groupement clivé en milieu acide (TFA). Plus contraignante (manipulation d’acides forts, clivage final à HF) mais offre un meilleur contrôle pour certains peptides difficiles : séquences hydrophobes longues, peptides à haute teneur en β-feuillets, certains peptides cycliques.
Notre recommandation
Démarrer en Fmoc, par défaut. Basculer en Boc uniquement si la première synthèse échoue ou présente des rendements faibles inexplicables. Pour les peptides longs (au-delà de 40-50 résidus), envisager la ligation chimique native, qui combine fragments synthétisés en Fmoc puis assemblés.
